Juventud
El año 1507 coincidiendo con la muerte de su madre, el Contador Mayor de Castilla, Juan Velázquez de Cuéllar, pide al Señor de Loyola que le mande un hijo suyo para tenerlo como propio. Entre los hermanos se decide mandar al menor, a Íñigo, que va a Arévalo, donde pasaría un mínimo de once años. En este tiempo aprende lo que un gentilhombre debe saber, el dominio de las armas. La biblioteca de Arévalo era rica y abundante, lo que dio alas a su afición por la lectura y, en cuanto a la escritura, no dejó de pulir su buena letra. Se le consideró un muy buen escribano.
En 1517 Velázquez de Cuéllar cae en desgracia, al morir Fernando el Católico, y al año muere. Su viuda, María de Velasco, manda a Íñigo a servir al duque de Nájera, Antonio Manrique de Lara, que era virrey de Navarra, donde dio muestras de tener ingenio y prudencia, así como noble ánimo y libertad. Esto quedó reflejado en la pacificación de la sublevación de Nájera en la Guerra de las Comunidades de Castilla (1520–1522), así como en conflictos entre villas de Guipúzcoa, en los cuales destaca por su manejo de la situación.
En 1521 se produce una incursión de tropas franco-navarras procedentes de Baja Navarra en su intento de reconquista y expulsión del invasor, en las que participaban los hermanos de Francisco Javier. Al mismo tiempo se subleva la población de varias ciudades, incluida la de Pamplona. Iñigo, que lucha con el ejército castellano y se encuentra en Pamplona en mayo de ese año, cuando llegan las tropas franco-navarras, resiste en el castillo de la ciudad, que es asediado, arengando a sus soldados a una defensa que resultaba imposible. En el combate es alcanzado por una bala de cañón que pasa entre sus dos piernas, rompiéndole una e hiriéndole la otra. La tradición sitúa el hecho el 20 de mayo de 1521, lunes de Pentecostés. El castillo cae el 23 ó 24 del mismo mes y se le practican las primeras curas y se le traslada a su casa de Loyola.
La recuperación es larga y dolorosa, y con resultado dudoso, al haberse soldado mal los huesos. Se decide volver a operar y cortarlo, soportando el dolor como una parte más de su condición de caballero.
En el tiempo de convalecencia, lee los libros La vida de Cristo, del cartujo Ludolfo de Sajonia, y el Flos Sanctorum, que hacen mella en él. Bajo la influencia de esos libros, se replantea toda la vida y hace autocrítica de su vida como soldado.
